Bei der Installation von Offshore-Windkraftanlagen (insbesondere den Rammungen der Fundamente) entstehen Schallemissionen, die den Schweinswalen und anderen Meeresbewohnern schaden können. Daher hat der Gesetzgeber einen Grenzwert für die Schallemissionen von 160 Dezibel (SEL) in 750 Metern Entfernung zur Schallquelle festgelegt. Die Genehmigungsbehörden verlangen zudem ein umfassendes Schallschutzkonzept für die Errichtung des Offshore-Windkraftwerks. Die Branche arbeitet intensiv an Lösungen zur Schonung der Meereslebewesen. Ein Beispiel sind die aufwendigen Schallminderungssysteme, um den Lärm beim Rammen der Pfähle für die Fundamente so gering wie möglich zu halten. Eine aktuelle Studie (2012) des Bundesamtes für Seeschifffahrt und Hydrographie (BSH) zeigt in diesem Zusammenhang, dass die Betriebsgeräusche der Anlagen für Schweinswale nur bis maximal 100 Meter um die Anlagen überhaupt hörbar sind. Bei den Rammungen in der Installationsphase verlassen die Tiere das Gebiet im Baufeld zwar weiträumig, kommen aber anschließend wieder zurück. Zurzeit halten sich laut dieser Studie sogar vermehrt Schweinswale rund um das Testfeld alpha ventus auf. Das kann daran liegen, dass durch den Aufbau der Offshore-Windkraftwerke in der Nordsee der Schiffsverkehr auf wenige Routen konzentriert wird und die Schallbelästigung innerhalb eines Windkraftwerks auf See nach der Bauphase geringer ist als sie vor dem Bau ohne die vorhandenen Windkraftanlagen war.

Zusätzlich zu den zahlreichen Bemühungen für den Schutz der Ökosysteme im Meer gibt es bereits einen besonders positiven Effekt für die Umwelt: Die Bereiche um die Offshore-Windkraftwerke entwickeln sich zu geschützten Gebieten für Meereslebewesen, denn sie sind für den Schiffsverkehr gesperrt und auch das Fischen ist untersagt, so dass sich die Bestände im Umfeld der Offshore-Windkraftwerke regenerieren können.

Zu erwähnen ist außerdem die Tatsache, dass einige Bereiche des Meeres dem Menschen erstaunlicherweise immer noch weniger gut bekannt sind als Teile des Mondes. Die im Zuge der Genehmigungsverfahren durchgeführten – und überwiegend durch die Planer des Offshore- Windkraftwerke finanzierten – Begleitforschungen haben in diesem Zusammenhang für neue und detailliertere Erkenntnisse über Flora und Fauna des Meeres gesorgt.

Bisher sind keine nachhaltigen Schäden für die Fische oder Meeressäuger durch die Offshore-Windkraftwerke nachgewiesen worden. Die ohnehin schon umweltschonenden Maßnahmen bei Errichtung und Betrieb der Offshore-Windenergieanlagen werden permanent weiter optimiert.